萨迦寺建于公元1268年，当年八思巴委托萨迦本钦释迦桑布主持建设，经过代代扩建整修，总面积超过14700平方米。萨迦寺现在看到的建筑是公元1948年全面维修时的面貌，原有建筑的风格在布局和风格上依然忠实保存。整座建筑坐西朝东，楼高三层，平面呈四方形坛城模式。整个建筑由拉康钦莫大殿、拉康喇章、僧舍、城墙、望楼等建筑单元组成，形成了井然有序、结构精密的密宗坛城。
进入萨迦寺，穿过东门廊，即拉康钦莫大厅的正门，来到中心有四合院风格的天井庭院，顺利进入拉康钦莫大厅的各个佛殿。拉康钦莫大殿是萨迦庞大坛城迷宫的中心，东西长79.8米，南北宽84.8米，高24.3米。宫殿的墙壁很厚。墙面涂有红、白、青三色，象征着萨迦的标志。装饰有法轮、金鹿、海螺、圆镜、六字真言等图案。墙顶装饰有汉式木斗拱和藏式白玛草的墙顶也使用了大量的装饰斗拱。大殿周围有僧舍、拉康喇章建筑等宫殿建筑风格的附属建筑。
大经堂位于庭院西侧，总面积5775平方米。大厅由40根巨大的木柱直接支撑到屋顶。最粗的木柱直径约1.5米，细的约1米。前排中间的四根柱子被称为四根柱子，即元朝皇帝柱（又称忽必烈柱，据说是忽必烈赐予的）、虎柱（据说这根柱子是由一只老虎载的）、野牛柱（据说这根柱子是由一只野牦牛用角顶载的）、黑血柱（据说是海神送来的流血柱）。大厅高约10米，可容纳数百名僧侣念经。
大经堂正中法座上有一个木龛，供奉着萨迦寺镇寺之宝白海螺。据说白海螺是忽必烈送给八思巴的，是萨迦寺最神圣的宗教圣物。白海螺吹响后，功德不可思议的功德。注定要听白海螺法号的人，可以得到至高无上的祝福和祝福。寺庙里的僧侣认为他们胜过生活。只有宗教吉日，他们才能打开壁龛里的木箱，拿出海螺，由喇嘛演奏。大经堂供奉着不同时期的佛像，其中许多是元明以来的珍贵文物。据不完全统计，萨迦寺有约2万尊佛像，其中有数十尊铜佛铸有大明永乐年施。
大经堂正西佛像墙后，有一处可以称之为世界文化奇观的地方堵惊人的经书墙。萨迦经书墙不仅是萨迦寺的杰作，也是全人类的珍贵宝藏。书墙的长度和高度几乎与大经堂的宽度和高度相同，长约60米，高近7米，布局为凹形，从下到上沿墙分为8个单元，从左到右分为50多个单元，形成一个巨大的书架。经书都是梵文夹，规格大小不一。最大的是马背、牦牛背和牛背。每本经书长约1.5米，高约50厘米，宽约30厘米。由于其巨大而沉重的部分，人力无法承受重量，需要以良马、牦牛或牦牛等牲畜命名。世界上最著名的经书是八千颂铁环本，长1.31米，宽1.12米。经板上系有四个铁环，需要四个壮汉同时使力才能移动。每个书架上的藏经数量因部分大小不同而不同。整个经墙有数万本藏书，涉及藏族政治、社会、历史、法律、宗教、天文、历算、医学等人文自然学科。
银塔殿位于拉康钦莫大厅中心天井的北侧，有11座萨迦法王灵塔。据说这些灵塔都来自北寺，后来被移到南寺供奉。萨迦法王灵塔前还供奉着一些小雕像和财神雕像，也出土在萨迦北寺。银塔殿的四面壁画中有大量壁画，其中南面的壁画形象记录了萨迦历史上的一些重要事件。
普巴殿位于拉康钦莫大厅中心天井南侧，是修复普巴金刚的殿堂。大厅内有萨迦班智达、八思巴、文殊、释迦牟尼、无量寿佛等铜镀金佛像，四壁画有佛、菩萨、护法单尊画像。普巴殿是萨迦传统法会普巴金刚法会和大黑天法会的主殿。每次法会期间，普巴殿都会悬挂与法会仪式有关的唐卡。
八思巴殿位于拉康钦莫大殿南侧，是萨迦五祖八思巴居住而寂静的宫殿，也是萨迦高级佛学院的学校。八思巴殿建于元代，经过代维修形成了目前的规模。大殿里供奉着许多佛像，大多是明清时期的珍品。改革开放后，八思巴殿壁画被破坏，现有壁画被重新绘制。八思巴殿最重要的宝物是一尊镀金绿度母，是萨迦寺的奇宝之一。
八思巴大殿北侧是父法殿，供奉萨迦冬季法会的各种父法，如吉祥天母、障碍面、四面父母、野牦牛父母等。每年藏历十一月，这些父法都会参加冬季黑天法会的神舞表演。藏历七月，这些父法也将受到普巴金刚殿的欢迎。
进入萨迦寺二楼的通道位于大厅门廊的南侧，沿着通道的42级台阶到达二楼的走廊。如果你从一楼天井东侧的大门进入，你可以到达二楼的平措宫。
八思巴1265年回萨迦时，成立了专门管理其私人财产及相关事宜的喇让。原指宗教领指宗教领袖的公馆，后来演变成宗教领袖办理政教事务的机构。14世纪，昆氏家族分为四个喇让：细脱喇让、拉康喇让、仁钦岗喇让和都喇让。喇让由父子相承，而萨迦法王则由四个喇让轮流继承。到15世纪，萨迦四大喇让中有三个绝嗣，只有两兄弟，分别建立了平措颇章和卓玛颇章。萨迦法王轮流担任这两个房间的长子。平措宫四壁画着三尊长寿佛，供奉着几代萨迦法王的灵塔和装有法王圣物的佛像。
平措宫对面是一个古老的藏书馆。这里有大量的佛经和历代祖先的作品。这些书大多是手写的，有600-700年的历史。这里的每本书都有明确的编号。书架西侧的书有道果法教义，东侧有萨迦五祖和萨迦法脉传承的传记。
藏书馆西侧是萨迦文物馆。文物馆里藏着八部梵文贝叶佛经，被称为稀世珍宝，主要是《八千颂般若波罗蜜多经》。形状为矩形，最大长度约61厘米，宽度为6厘米；最小长度为19.3厘米，宽度为5.5厘米。护经板上刻有精美的浅浮雕植物图案、色彩鲜艳、造型生动的佛陀、菩萨和护法神。
走廊大厅位于二楼平台西侧和南侧的走廊上。走廊的墙上有63幅大大小小的坛城壁画，其中20幅位于壁画中心的大坛城壁画，最大直径约2.7米，而小坛城又小又精致，直径只有0.6米左右，分别位于大坛城的四个角落。为了防止壁画和强光，坛城墙已被文物部门用木板关闭。
萨迦寺主楼的第三层是千佛墙。所谓千佛墙，就是沿着大厅屋顶一周的墙上画上千尊佛像。经过多年和风雨的侵蚀，这些壁画大多已经散落。近年来，当政府大规模修复萨迦寺时，千佛墙上的许多壁画都被重新绘制。虽然新的千佛墙很耀眼，但它仍然缺乏萨迦独特的古老魅力。
