科山寺位于惠安县城西郊的科山顶峰。始建于北宋元祐年间(1086-1093)后废。至明景泰年间(1450-1456)又重建，建筑面积700多平方米。 1978年以来不断复修、重建，范围扩展到15000多平方米，寺内外的园艺、景点大有增辟，面貌为之一新。 1994年，惠籍旅星侨胞杨松年先生捐献巨资，又新建双檐歇山式大雄宝殿和三檐亭阁式的大悲殿，巍峨壮观。
科山曾是众多名士读书之地。南宋嘉熙间县令郑清子曾建“登科书院”于此处。科山寺历史悠久，至今尚留有自宋至民国期间的历代摩崖石刻20多处，多数集中在寺前层岩上。寺中有清末名士、画家林渊、黄朝栋撰写的石刻柱联多副和当代全国著名书法家虞愚和梁披云分别书写的“科山寺”“圆通宝殿”和“大雄宝殿”匾额。一代高僧弘一法师抗日期间曾三次来寺讲经说法并题有“慧水胜境”四字于寺内。报德祠内尚有明万历名宦、著名地方史家何乔远撰写的长篇颂德碑记，均为书法、文章佳作。
科山寺现任住持弘雄法师，于1996年夏恢复了“科山书院”名号；并编纂“科山书院丛书”，收藏和刊印古今乡贤的文学著作。
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