百丈寺位于江西省奉新县百丈山大雄峰下，唐大历年间(766-778年)县人甘贞道创，初名“乡导庵”，后延请怀海至此住持住持，遂改名“百丈寺。”怀海住持百丈寺后，劝于佛事，坚持“一日不作，一日不食。”的训条，整顿禅规，别创《禅门规式》，“励禅门之戒行，为一宗之洪范”。怀海每日登堂讲法，广收徒众，有“玄学之徒，四方辐辏”之说。怀海讲经，不务虚玄，唯求畅达，故听者甚众，影响颇大。
《奉新县志》(康熙版)载：“相传寺后常有青猿来听经，罢则长啸而去。”《五灯会元·洪州怀海禅师》中还记载怀海在百丈寺的一段奇遇：怀海每次登坛请经时，都有一老者混于众僧中听讲。一日怀海请经毕，众僧尽离去，唯老者迟迟不去。怀海问之，老者说：“我今并非人类，乃是野狐化身。因前生住此山时，有一通道术的人问我‘一个大修行的人，到底落因果否？’我答曰：‘不落因果。’只因错说一‘落’字，便罚我五百年生为野狐身。但我至今不悟，还请大师指点！”怀海道：“应答‘不昧因果’。”老者遂大悟，感激万分，说：“我今可以解脱，免去野狐之身了！明晨时分，还为大师为弟子收尸于山后！”翌日，僧众往山后寻找，得死狐于山岩中，怀海命以僧礼葬之。此后，人们便称狐死处为“野狐岩”，佛家由此引申称不懂禅道者为“野狐禅”怀海于唐元和九年(814年)圆寂，享寿95岁，法身葬百丈山大雄峰下百丈寺西侧的“大宝胜输塔院”。唐长庆元年(821年)，唐穆宗李恒赠谥怀海“大智禅师”。
唐宣宗李忱为光王时，为武宗所忌，曾晦迹云游至百丈寺，并留吟《百丈山》诗而去。唐大中元年(847年)宣宗即位后，特敕赐百丈寺“大智寿圣禅寺”的匾额，从此百丈寺闻名全国。历代高僧如智斌、明雪、净泐、智源等都曾在此住持；历代名土如柳公权、柳宗元、罗隐、苏轼、黄庭坚、袁陟、蔡国珍、张致远、李士奇、阴镗、况思文等，都曾忘形于百丈山中，行吟于潦水岸边，留下大量的诗篇和墨宝。
唐朝时，百丈寺从于原址西北，旋被毁。北宋元丰年间(1078-1085年)重建，张无尽作记。明洪武年间(1368-1398)，香火极盛，附近禅寺林立，有“三寺五庙四十八庵”之说。清朝，百丈寺经多次整修，山门大殿，宏伟宽敞，梵宇层楼，蔚为壮观；寺后有“凌云寺”、“师表阁”依山相衬，后均被毁。清康熙年间，南昌知府叶舟重建。雍正十二年(1734年)，奉旨敕修，内府按朝延颁发的图样加以改造，花费七千余金，咸丰六年(1856年)石达开率太平军驻寺十余日，佛像、僧房均被毁。咸丰十一年(1861年)，李秀成率太平军经奉新，该寺再度被焚，所有经卷连同师表阁均付诸一炬。同治六年(1867年)，僧清德、石兰等人化缘修理佛殿，装修佛像。今存残址，即为该次重修。1949年后，百丈寺仅存大雄宝殿及右侧的两栋客房，殿内正中的如来佛像在“文化大革命”期间被毁，只留下巨石砌成的佛像座及东侧地藏菩萨座基。改革开放后，百丈寺又重新进行了维修，现有大雄宝殿、玉佛殿、三圣殿及伽蓝殿等建筑。
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